各類機構，包括學術組織、政府部門、公營服務機構、非政府機構及專業團體，均可向愛滋病信託基金委員會申請撥款資助。機構或社團必須已根據第151章《社團條例》登記；學校必須已根據第279章《教育條例》登記；公司則必須在香港以內成立為法團。基金並不接受個人申請。