為了有效地針對疫情的變化、應用最新具實證基礎的監察及介入措施，以及確保機構能有效地運用資金，愛滋病信託基金一直以來都以計劃/項目的形式撥款。
雖然如此，委員會於2003年起設立了一套新的計劃撥款機制，以三年為單位，目的是維持一些具質素的活動。申請者可在計劃完結後再遞交新的申請表格。但是，申請者必須證明該計劃/項目在公共衞生方面有持續的需要，並顯示獲資助計劃/項目有良好的成效和往績。