以三年制的計劃為例，第一年的百分之一百撥款會在秘書處收妥"接受愛滋病信託基金撥款確認書"後發放。第二年的首百分之五十撥款則會在第二年開始時發放。
獲撥款者必須在計劃開始後的第二年的兩個月內，提交第一年的審計帳目及審計師報告、活動報告和計劃第一年的進度報告。如果委員會滿意及接納有關文件，第二年剩餘的百分之五十撥款及第三年的首百分之五十撥款會在計劃第二年的中期發放。
獲撥款者必須在計劃開始後的第三年的兩個月內，提交第二年的審計帳目及審計師報告、活動報告和計劃第二年的進度報告。如果委員會滿意及接納有關文件，第三年的百分之四十撥款會在計劃第三年的中期發放。
而要取得第三年剩餘的百分之十撥款，獲撥款者必須在計劃結束後的兩個月內，提交第三年的審計帳目及審計師報告、活動報告和計劃第三年的最後報告。如果委員會滿意及接納有關文件，第三年剩餘的百分之十撥款將會獲發放。